Orientierungsmodul Biochemie III: RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung (BCMA III)7.5 ECTS
(englische Bezeichnung: BCMA III: RNA-seq Analysis of the Cassava root development)
(Prüfungsordnungsmodul: RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung)

Lehrveranstaltungen:

• • Orientierungsmodul Biochemie III: Einführung in die RNA-Sequenzanalyse
    (Übung, 8 SWS, Anwesenheitspflicht, Uwe Sonnewald et al., Zeit und Raum n.V.)

Inhalt:

Einführung in die Analyse von Next Generation Sequencing Daten am Beispiel eines RNAseq Datensatzes zur Cassava (Manihot esculenta) Wurzelentwicklung.

• Cassava Entwicklung, Physiologie, Biochemie

• Entwicklung der Genexpressionsanalyse und Sequenziermethoden

• Bioinformatische Prozessierung von RNAseq Daten

• Einführung in biologische Statistik

• Sequenzdatenbanken und Ähnlichkeitssuche (BLAST)

• Promotorextraktion und Vorhersage von Transkriptionsfaktorbindestellen (TFBS)

• Analyse- und Visualisierungsmethoden

• Primer Design und qRT-PCR Validierung von Kandidatengenen

• Auswertung von qRT-PCR Daten

• Biologische Einordnung der Ergebnisse
  

Lernziele und Kompetenzen:

Die Studierenden sind in der Lage:

• nach einer Einführung in das Arbeiten in einer Linux Umgebung, Programme in Linux anzuwenden

• grundlegende Befehle und Programmierungen in bash/R für Einsteiger selbst durchzuführen

• zu verstehen, wie großen Datenmengen aus biologischen Versuchen generiert werden und können diese auswerten und analysieren

• den Hintergrund und Ablauf der Prozessierung von Next Generation Sequencing- Daten zu verstehen und die Ergebnisse aus diesen Daten zu analysieren

• bioinformatische Methoden zur Auswertung von RNAseq Daten anzuwenden und die Ergebnisse der Analysen zu interpretieren

• Datenbanken und Programme für die Analyse von RNAseq Daten anzuwenden

• Kernmethoden der biologischen Statistik zu verstehen und auf biologischen Fragestellungen anzuwenden

• biologische Interpretation von RNAseq Daten zu visualisieren

• Ergebnisse aus wissenschaftlichen Versuchen aufzubereiten und zu präsentieren, sowie in Form eines wissenschaftlichen Berichts/Manuskripts dazustellen
  

Verwendbarkeit des Moduls / Einpassung in den Musterstudienplan:

1. Zell- und Molekularbiologie (Master of Science)
   (Po-Vers. 2019w | NatFak | Zell- und Molekularbiologie (Master of Science) | Orientierungsmodule | Biologische Orientierungsmodule | RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung)

Studien-/Prüfungsleistungen:

BCMA III: RNA-seq Analyse der Cassava Speicherwurzelentwicklung (Prüfungsnummer: 22811)

Prüfungsleistung, mehrteilige Prüfung, benotet, 7.5 ECTS

Anteil an der Berechnung der Modulnote: 100.0 %

weitere Erläuterungen:
Mündliche Prüfung 30 Min. Schriftliche Ergebnispräsentation (5-10 Seiten)

Erstablegung: SS 2021

1. Prüfer:

Uwe Sonnewald