Statistische Modellierung, Lokalisierung und Analyse regulatorischer DNA-Sequenzen Der Forschungsschwerpunkt in der Bioinformatik besteht aus der Identifikation
und Analyse regulatorischer Regionen, der so genannten
Promotoren, in genomischer DNA. Diese Regionen sind maßgeblich daran beteiligt,
dass die Expression eines Gens unter den richtigen
Bedingungen erfolgt. Das stochastische System "McPromoter" zur exakten und
spezifischen Lokalisierung von Promotoren wird seit 1998 am Lehrstuhl
entwickelt. Zwei Versionen, die anhand von Beispielsequenzen aus Fruchtliege und Wirbeltieren
trainiert wurden, sind aktuell verfügbar und werden zur
Annotierung der großen Datenmengen aus den Sequenzierprojekten eingesetzt --
beispielsweise des gesamten Genoms der Fruchtfliege oder des
Erbgutes mehrerer menschlicher DNA-Viren. Für akademische Institutionen ist ein
kostenfreier Zugang über unseren Web-Server möglich; Lizenzen für kommerzielle
Nutzung sind auf Anfrage erhältlich.
Zur Zeit wird das System erweitert, um die gefundenen regulatorischen Sequenzen
auf konservierte Bereiche hin zu analysieren. Dazu sollen in
Promotorregionen von Genen, die unter den selben Bedingungen aktiv sind,
überrepräsentierte Teilsequenzen ermittelt werden, die mögliche
Angriffspunkte regulatorischer Proteine sind. Die Identifikation dieser Muster
stellt einen wesentlichen Schritt auf dem Weg zum Verständnis der
komplexen regulatorischen Netzwerke dar, die zur Entwicklung eines komplexen
Organismus führen. | Beteiligte: Prof. Dr.-Ing. Uwe Ohler
Stichwörter: Bioinformatik; Sequenzanalyse; statistische Mustererkennung
Laufzeit: 1.11.1998 - 31.10.2001
Förderer: Boehringer Ingelheim Fonds
Mitwirkende Institutionen: Berkeley Drosophila Genome Project Institut für Klinische und Molekulare Virologie, Universität Erlangen
Kontakt: Ohler, Uwe
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